De abril a noviembre es la temporada seca. Los días son soleados y templados, aunque en invierno, de junio a agosto, las noches son frías y en la Puna hiela. Es la mejor época para el Tren a las Nubes y para las rutas de montaña.
El verano, de diciembre a marzo, es la época de lluvias. Los cerros se ponen verdes y el paisaje es muy lindo, pero las tormentas pueden provocar cortes de ruta por crecidas y aludes, y algunas excursiones se suspenden. Si viajás en esos meses, dejá días de margen y consultá el estado de las rutas antes de salir.
En septiembre se celebra la Fiesta del Milagro, la gran fiesta religiosa de la ciudad, que culmina el 15 con una procesión multitudinaria. En febrero, el carnaval del noroeste y en especial el de la Quebrada de Humahuaca convocan a miles de personas.
Sobre la altura: la ciudad no da problemas, pero San Antonio de los Cobres, la Puna y algunos puntos de la Quebrada superan los 3.000 metros. Subí sin apuro, comé liviano, tomá mucha agua y evitá el alcohol el día de la excursión. Si tenés problemas cardíacos o respiratorios, consultá antes con tu médico.